昆明垂直高差較大，海拔從4344米至746米，由于豐富的環境變化，地勢高差懸殊，立體氣候造就了豐富的生物資源。資料顯示，昆明市域種子植物有195個科，1099個屬，3229個種，占云南省種子植物科數266科的73%，占全國291科的67%，其中特有的60余種。昆明規劃區范圍內的植物種數計179科1936種。其中：野生植物1383種，園藝栽培植物553種（專類植物園引種植物未計入）。昆明城市生物多樣性具有以下4個特點：

　　云南省內珍稀瀕危物種得到繁殖

　　一是植物物種多樣性保護。昆明園林植物園在建園時開辟了珍稀瀕危植物區，同時開展省內珍稀瀕危植物引種、栽培和繁殖工作，經過二十余年的努力，現已引種珍稀瀕危植物近百種，成為了昆明實施珍稀瀕危植物遷地保護的重要場所。2011年對《昆明城市規劃區生物多樣性保護規劃》進行修編。

　　二是發掘與應用鄉土植物資源。2006年公布推薦了527種常用的植物及種植指導意見，其中鄉土樹種304種。逐步把云南山茶、云南櫻花、滇樸、云南方竹等鄉土樹種推廣到全市綠化建設。

　　穩定的城市綠地生態系統

　　三是注重適宜昆明栽種的植物引種。多年來不斷開展植物引種、栽培和繁殖工作。通過適應性試驗后，引進部分優良園藝品種，重點是花灌木、色葉植物和宿根花卉等品種，特別是原產我國，并經國外培育改良的優秀品種。確定了植物引種目標：規劃到2020年，使市區綠化植物種類在現有550余種的基礎上增加到650種（含品種），其中喬木30種，灌木30種，濕地植物20種，地被10種，竹類10種。

　　四是建立城市生態廊道。在城市綠地建設中，充分借鑒、利用當地自然景觀特點，形成多樣化的景觀類型，城市生態隔離帶、道路防護林帶、公園形成城市綠地生態（景觀）廊道，增強了城市不同綠地的連通性，建立了較為穩定的城市綠地生態系統，對城市生物多樣性保護起到了關鍵作用。