土壤應每年進行一次消毒，以保證沒有病原菌。目前，蒸汽處理或化學藥劑消毒是比較有效的土壤消毒方法。

　　蒸汽消毒

　　一般情況下，低壓蒸汽消毒比高壓蒸汽消毒的效果好。除了腐霉菌較難控制外，該法可解決大部分土壤病菌問題,這意味著用化學藥劑進行補充消毒是必須的。對pH值低的土壤，蒸汽消毒會引起錳的過量積累，應用石灰提高pH值。采用蒸汽消毒時，25厘米至30厘米深的土壤溫度應為70℃至80℃，至少保持l小時。

　　化學藥劑消毒

　　當土溫達到10℃至12℃時，用塑料薄膜覆蓋土壤，化學藥劑消毒的效果較好。7至10天(夏天3天)后，揭開塑料薄膜。

　　種植者需要注意的是，由于腐霉菌再生很快，一年一次的常規(guī)消毒一般是不夠的，這意味著每茬作物之前還應施用土壤消毒劑。

　　所有使用的藥劑在表土10厘米至15厘米深的土壤內必須混勻。為使藥品分布均勻，粉狀的殺菌劑與沙子混合，再人工撒在苗床上；或與溫水混合，用廣角噴頭噴灑，再使用翻土機徹底與土壤混合。對于結構容易被破壞的土壤類型，建議先人工撒藥，再用翻土機與土壤混合。