建立自然保護區開展就地保護是保護生物多樣性最根本、最有效的措施和手段。

    2003年以來，云南省自然保護區建設和濕地管理工作有新突破，一是編制完成全省兩大規劃。在全國率先編制完成《云南省生物多樣性保護工程規劃》，在全省首次完成《云南省濕地保護工程規劃》，2項規劃均于2007年底得到省政府批準。二是保護區由數量型向質量型轉變。三年來5個省級保護區晉升為國家級自然保護區，新增省級自然保護區2處。截至2007年12月，云南省16個國家級自然保護區林業部門管理的有13處，面積131.67萬公頃。省級自然保護區37處，面積74.7萬公頃。國家級和省級保護區面積占全省國土面積的5%。這些保護區中有2處“人與生物圈保護區”，4處“國際重要濕地”，5處在“三江并流”世界遺產地范圍內。實施了國家級自然保護區基礎設施建設項目20個，爭取國家投資1.17億元。自然保護區實現了從搶救性保護階段向規范管理過渡，西雙版納、高黎貢山和白馬雪山3個國家級保護區已列為國家林業局示范保護區建設試點范圍。三是積極推進自然保護區規范科學管理。云南省進一步加強科學考察和總體規劃工作，為保護區提供規范管理依據，共組織完成5個國家級保護區科學考察，3個國家級保護區補充調查，編制和修編11個國家級保護區總體規劃。完成12個省級保護區綜合科學考察，14個省級保護區總體規劃，建立起保護區監測體系。加強了管理人員培訓，共舉辦培訓班41期，培訓1100多人次。四是創新決策機制，妥善處理工程建設與保護的矛盾。建立“生物多樣性影響評價”和“專家咨詢評審”制度，積極協調不同利益主體之間的關系。在全國首次推出《自然保護區生物多樣性影響評價技術規范》得到國家林業局肯定，在全國參照執行。妥善處理了公路、鐵路，以及國家重大水電、交通建設工程涉及自然保護區的矛盾，最大限度減少生物多樣性損失，保護了生態景觀。五是開拓創新，探索生物多樣保護新模式。積極參與和組織滇西北生物多樣性保護會議，在《云南省人民政府在關于加強滇西北生物多樣性保護的若干意見》中，確立林業部門在滇西北生物多樣性保護工作中的實施主體地位。開展國家公園建設試點工作。國家林業局已批準將云南省列為國家公園建設試點省。六是濕地保護管理有了新突破。2004年，組織申報大山包、碧塔海、納帕海、拉市海為國際重要濕地，使云南成為我國國際重要濕地最多的省份。2006年，林業部門管理的6個高原濕地保護區保護建設項目獲得國家批準，已投資2354萬元。2007年，紅河哈尼梯田被國家林業局批準為國家濕地公園。